Cục Thuế (Bộ Tài chính) vừa ban hành Công văn 2386/CT-CS ngày 10/7/2025, hướng dẫn mới về xử lý một số vấn đề liên quan đến sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước trong các văn bản quy phạm pháp luật về quản lý thuế từ ngày 01/7/2025. Văn bản này lưu ý về thẩm quyền được phân định cho UBND cấp xã về lĩnh vực thuế.

Cụ thể, về nội dung phân cấp, phân quyền, phân định thẩm quyền chính quyền địa phương 2 cấp liên quan đến lĩnh vực thuế và quản lý thuế, Cục Thuế cho biết Chính phủ đã ban hành Nghị định số 122/2025/NĐ-CP và Nghị định số 125/2025/NĐ-CP quy định về phân quyền, phân cấp trong lĩnh vực quản lý thuế và phân định thẩm quyền của chính quyền địa phương 2 cấp. Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 40/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư thuộc lĩnh vực quản lý thuế.

Một số nội dung đáng chú ý trong các văn bản trên bao gồm:

Thứ nhất, về thẩm quyền xóa nợ thuế từ 15 tỉ đồng trở lên đối với doanh nghiệp, hợp tác xã tại Nghị định số 122/2025/NĐ-CP. Theo đó, thẩm quyền quyết định xóa nợ đối với doanh nghiệp, hợp tác xã thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 85 của Luật Quản lý thuế có khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt từ 15.000.000.000 đồng trở lên được Thủ tướng Chính phủ phân quyền cho Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Thứ hai, về các thẩm quyền được phân định cho UBND cấp xã tại Nghị định số 125/2025/NĐ-CP. Các thẩm quyền sau đây được chuyển từ Chủ tịch UBND cấp huyện cho Chủ tịch UBND cấp xã, bao gồm: Quyết định thành lập Hội đồng tư vấn thuế cấp xã; Ban hành quyết định cưỡng chế đối với các quyết định hành chính về quản lý thuế do chính cấp xã ban hành; Phối hợp cấp, thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh, hợp tác xã đối với trường hợp đã được xóa nợ; Thực hiện phân hạng đất tính thuế sử dụng đất nông nghiệp; Thành lập Hội đồng định giá tài sản khi thực hiện cưỡng chế.

Thứ ba, về các nội dung sửa đổi, bổ sung để phân định thẩm quyền của chính quyền địa phương theo mô hình tổ chức chính quyền địa phương 2 cấp tại Thông tư số 40/2025/TT-BTC. Theo đó, thành phần của Hội đồng tư vấn thuế cấp xã đã có sự thay đổi, và một số nhiệm vụ của Đội thuế được điều chỉnh thành Thuế cơ sở.

Nhìn chung, các hướng dẫn mới này của Cục Thuế nhằm cụ thể hóa các quy định pháp luật về quản lý thuế và phân định thẩm quyền giữa các cấp chính quyền địa phương.

Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu đang đối mặt với khó khăn khi thông quan hàng hóa sang các thị trường, đặc biệt là châu Âu (EU), do vướng mắc trong việc xin cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm cho sản phẩm có nguồn gốc thực vật. Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam (VPSA) cho biết, kể từ ngày 1-7, việc cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm đã chuyển sang các cơ quan cấp tỉnh theo quy định của Thông tư số 12/2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường.

Tuy nhiên, quy định mới này không kế thừa đầy đủ các hướng dẫn từ Thông tư 44/2018, dẫn đến sự lúng túng và chậm trễ trong quá trình cấp giấy chứng nhận. Điều này đặc biệt gây khó khăn cho các doanh nghiệp xuất khẩu, khiến hàng hóa không thể thông quan kịp thời, ảnh hưởng đến tiến độ hợp đồng và gây thiệt hại về tài chính. Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam đã gửi kiến nghị tới Bộ Nông nghiệp và Môi trường, đề nghị xem xét và đưa ra giải pháp kịp thời, nhằm hỗ trợ doanh nghiệp giải quyết các vướng mắc.

Không riêng gì ngành hàng gia vị, xuất khẩu thanh long sang EU cũng đang vướng mắc tương tự. Ông Huỳnh Cảnh, Chủ tịch Hiệp hội Thanh long Bình Thuận (tỉnh Lâm Đồng), cho biết nhiều lô hàng thanh long xuất khẩu sang EU chưa có đơn vị cấp chứng thư để xuất khẩu. Phía thị trường châu Âu yêu cầu phải thực hiện lại quy trình cấp chứng thư do cơ quan nhà nước cấp.

Sở An toàn thực phẩm TP.HCM đã có văn bản gửi Bộ Nông nghiệp và Môi trường, kiến nghị Bộ sớm ban hành quy định hồ sơ, thủ tục cấp giấy chứng nhận theo yêu cầu của châu Âu. Đại diện Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật (Bộ Nông nghiệp và Môi trường) cho hay, từ ngày 1-7, phía EU yêu cầu việc cấp chứng thư phải do cơ quan nhà nước cấp. Cục cũng đã có Công văn gửi về phía địa phương đề nghị triển khai việc cấp chứng thư.

Việc cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm cho sản phẩm có nguồn gốc thực vật là một yêu cầu bắt buộc để các doanh nghiệp xuất khẩu có thể đưa hàng hóa vào thị trường EU. Tuy nhiên, với những vướng mắc hiện nay, các doanh nghiệp xuất khẩu đang gặp khó khăn trong việc đáp ứng yêu cầu này, gây ảnh hưởng đến hoạt động xuất khẩu của họ.

Trước tình hình này, các hiệp hội ngành hàng và doanh nghiệp xuất khẩu đang chờ đợi sự vào cuộc của các cơ quan chức năng để tháo gỡ các vướng mắc và hỗ trợ doanh nghiệp giải quyết các vấn đề liên quan đến cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm cho sản phẩm có nguồn gốc thực vật.

Trong thời gian tới, các doanh nghiệp xuất khẩu cần phải tích cực phối hợp với các cơ quan chức năng để hoàn thiện hồ sơ và thủ tục cấp giấy chứng nhận an toàn thực phẩm, nhằm đảm bảo hàng hóa có thể thông quan kịp thời và đáp ứng yêu cầu của thị trường EU.